Koei Tecmo und Entwickler Gust haben zwei neue Schüler in die Blue Reflection: Second Light-Akademie aufgenommen: Uta Komagawa und Kirara Kuno. Sie schließen sich der Gruppe an, in der Hoffnung, den Schlüssel zu den verlorenen Erinnerungen jedes Charakters zu entschlüsseln und die Geheimnisse hinter diesem wunderschön animierten JRPG zu enträtseln.

Während die Geheimnisse von Blue Reflection: Second Light gelüftet werden, werden ein paar neue Schüler in die mysteriöse schwebende Akademie gebracht, wo sie nach Hinweisen suchen, um ihren Weg zurück nach Hause zu finden, mit nur ihren Namen als Erinnerung. Die gequälte Uta Komagawa ist der erste neue Charakter, der angekündigt wurde. Uta, die ursprünglich im Anime Blue Reflection Ray eingeführt wurde, ist dafür bekannt, dass sie ruhig und unsicher ist, aber als sie die Akademie betritt, spürt man sofort, dass die anderen Schüler ihr gegenüber aus unbekannten Gründen misstrauisch sind. Mit Uta gemeinsam kommt auch die prophetische Kirara Kuno an die Akademie. Kirara hat zwar ihr Gedächtnis verloren, aber sie scheint die Fähigkeit zu besitzen, die Zukunft vorauszusagen. Werden Kiraras Worte über die Zukunft helfen, die Wahrheit hinter ihrer Vergangenheit zu enthüllen?

Die beiden neuen Schüler schließen sich einer Reihe von Charakteren an, die ihre Bindungen vertiefen wollen, während sie diese schöne und doch bizarre neue Welt erkunden. In der Akademie können die Charaktere Werkzeuge herstellen, kochen, sich verabreden und die Schule durch den Bau neuer Einrichtungen weiterentwickeln. Außerhalb der schwebenden Akademie betreten die Schüler Heartscape, einen gefährlichen Ort, an dem sie nach Hinweisen auf ihre Vergangenheit suchen, nach Gegenständen zum Basteln Ausschau halten und gegen Monster kämpfen, während sie versuchen, Fragmente ihrer verlorenen Erinnerungen zu entdecken.