Spieler schlüpfen in Blue Reflection in die Rolle der Schülerin Hinako Shirai, die nach einem Unfall zu einem magiebegabten Reflector wird. Das Spiel kombiniert intensive Kämpfe mit umfangreichen Simulations-Elementen. So können soziale Beziehungen gepflegt, ein fiktives Social Network durchforstet, Veranstaltungen nach dem Schulalltag besucht und vieles mehr angestellt werden. Neben der sozialen Interaktion können Spieler Hinakos Haus erkunden und etwas über ihre Vergangenheit erfahren oder im FreeSpace surfen – einer App, die Hinako mit ihren Freunden vernetzt und Aktivitäten planen lässt.

Beziehungen sind ein Schlüsselelement in Blue Reflection und je enger die Bindung zwischen Hinako und ihren Freunden ist, desto hilfreicher sind diese im Kampf gegen die zerstörerischen Sephira. Bindungen können über spezielle Ereignisse - die Bond-Episodes - gefestigt und ausgebaut werden. Diese individuellen Events finden an speziellen Orten, wie dem Schulhof der Hoshinomiya-Mädchenschule oder im Kino statt sowie als Date-Events an bestimmten Tagen des Spiels – von denen jedes Event die einzigartige und vielleicht schrullige Persönlichkeit eines bestimmten Charakters repräsentiert. Auf diese Weise schalten Spieler Essential Missions frei, die die Geschichte von Blue Reflection fortführen. Zusätzlich gibt es Important Missions, die sich auf die Interaktion zwischen den Charakteren konzentrieren, sowie Common Explorations. Jede erfolgreiche Mission verstärkt die Bindung zu bestimmten Charakteren, gewährt Erfahrungspunkte und schaltet neue und mächtige Fähigkeiten frei.